http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/4227 2026-04-16T23:42:34Z http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/14056 Title: Computational study of phage adsorption dynamics on cell membranes Authors: Segoviano Caudillo, Isael Aaron Contributor: FRANCISCO ALARCON OSEGUERA Abstract: The motivation of this work originated from the interest in understanding viral adsorption phenomena from a physical perspective, particularly in systems involving anisotropic particles such as bacteriophages. When suspended in a fluid, bacteriophages interact with bacterial surfaces through a combination of hydrodynamic effects, steric constraints, and anisotropic surface affinities. Therefore, their adsorption and alignment on cellular membranes are governed not only by biochemical interactions but also by fluid-mediated transport and orientation processes. To capture these features, we developed a coarse-grained model composed of anisotropic dimers embedded in a dissipative fluid. The dimers represent elongated viral particles, where anisotropy is introduced through interaction asymmetry between the two components. Bacterial surfaces were represented by granular walls, which allow control of physical characteristics such as roughness and affinity distribution. The construction of the model is intentionally general: although motivated by phage–bacteria interactions, it can be tuned to reproduce other physical systems that share similar geometric constraints, adsorption mechanisms, or anisotropic interactions. Dissipative Particle Dynamics (DPD) was selected as the simulation method due to its ability to simultaneously reproduce hydrodynamic behavior, excluded-volume interactions, and mesoscale thermal fluctuations. Within this framework, we performed systematic studies on the effects of wall morphology, surface affinity, hydrophobicity on dimer adsorption and an analysis of the orientational behavior of the dimers was conducted, revealing how hydrodynamic conditions and heterogeneous surface affinities influence the system. 2025-06-01T00:00:00Z http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/13884 Title: Estudio del background en vértices con dos tracks producido por el decaimiento K3π en CERN-NA62 Authors: Rico Olvera, Carlos Alfredo Contributor: Reyes Santos, Marco Antonio Abstract: Para realizar ese estudio, vamos a seguir utilizando los eventos con dos tracks, pero basados en lo que podamos aprender de los eventos de tres tracks, que proceden verdaderamente del proceso K3π. Cabe señalar que aquí no estaremos utilizando eventos de Monte Carlo, que sería el camino típico a seguir en esta área de investigación, ya que queremos ver el background producido por tres tracks cuando solo podemos ver dos. Aunque esta empresa parece ser complicada, mostraremos que no solo pudimos llegar a reconstruir los piones perdidos, sino que además pudimos valorar el background para vértices con dos tracks, lo que nos permitió introducir un corte cinemático que no fue considerado en las tesis que son citadas arriba. Previo a ese estudio, y derivado de trabajos anteriores realizados por varios investigadores de la División de Ciencias e Ingenierías en un experimento previo, hemos utilizado datos de un experimento que corrió en 1991 en Fermilab, el FNAL-E690, para aprender a realizar la cinemática necesaria para nuestro estudio, con eventos ya seleccionados para otro proceso. Comenzaremos la descripción de nuestro trabajo mostrando lo realizado con datos del FNAL-E690. 2025-12-01T00:00:00Z http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/13839 Title: Cuantización canónica de fermiones de segundo orden Authors: Olmos Gómez, Julio Cesar Contributor: Vaquera Araujo, Carlos Alberto Abstract: En este trabajo se estudió la segunda cuantización canónica para campos fermiónicos de espín 1/2 con ocho grados de libertad, sujetos a la densidad lagrangiana de Klein-Gordon la cual satisface un formalismo pseudohermítico a través de la redefinición de su campo adjunto mediante un operador unitario y hermítico, haciendo así a los fermiones de segundo orden una teoría autoncosistente, es decir, causal, invariante de Poincaré, invariante ante CPT y renormalizable conforme al grado de divergencia superficial. 2024-06-11T00:00:00Z http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/13838 Title: Análisis de la región supercrítica de sistemas fluidos cargados Authors: Cuevas Cazares, José Pablo Contributor: Torres Arena, José Abstract: La descripción termodinámica de sistemas fluidos por debajo del punto crítico ha sido exhaustivamente estudiada mediante simulaciones y experimentos, que aunados al marco de la teoría de líquidos han provisto una descripción muy completa de las propiedades termofísicas de sistemas fluidos subcríticos. En los últimos años, ha habido un muy gran interés por las propiedades termodinámicas y dinámicas de fluidos supercríticos a partir del crecimiento exponencial de herramientas computacionales y avances tecnológicos, los cuales permitieron retar la visión tradicional en la cual se postulaba que a partir del punto crítico era imposible distinguir entre dos o más tipos de fases en la región supercrítica, exisitiendo solamente una única fase denominada simplemente como fluido supercrítico. A partir de ello, numerosas propuestas de curvas separatrices en la región supercrítica han surgido, las cuales pretenden separar la región supercrítica en distintas fases con base en diferentes criterios termodinámicos o dinámicos. En este trabajo se determinaron tres tipos de curvas separatrices: las denominadas líneas de Widom, construidas a partir de los máximos de distintas funciones de respuesta termodinámicas, a lo largo de trayectorias isotérmicas; la línea Zeno, i.e., la línea compuesta de los estados termodinámicos donde el factor de compresibilidad Z es igual a la unidad, la línea R = 0, donde el escalar de curvatura de Ricci termodinámico se anula. Finalmente una reciente propuesta llamada líneas PCI (Parallel Crtical Isocore) la cual se basa en la determinación de los máximos de la susceptibilidad isotérmica a partir de las isócoras críticas de la presión del sistema. Estas curvas se construyen a partir de distintos algoritmos numéricos para sistemas fluidos cargados, particularmente para aquellos cuyas interacciones intermoleculares electrostáticas son modeladas a través del potencial de Wolf, el cual permite la simulación de sistemas cargados mediante una suma esférica del potencial de interacción Coulómbica de las partículas del fluido. Como primera una primera introducción al cálculo de las líneas separatrices, se analiza la región supercrítica para un fluido que obedece la ecuación de estado de Van-der Waals, el cual permite una comparación entre la forma analítica y numérica de la obtención de las curvas separatrices. Finalmente, se construyen las líneas de Widom para un fluido modelado mediante un potencial de pozo cuadrado (SW), obteniéndose a continuación una equivalencia entre los parámetros físicos del sistema a partir de lo cual se realizó un análisis comparativo entre éstas y las líneas obtenidas para el fluido tipo Wolf. 2025-09-02T00:00:00Z