http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/4336 2026-04-13T01:59:35Z http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/5190 Title: Ecological and evolutional implications of ant-microbiome associations Authors: MARIO JOSUE AGUILAR MENDEZ Abstract: Las interacciones del microbioma intestinal se han estudiado en una gran variedad de taxa. En casi todos los grupos, se ha encontrado una fuerte relación entre los microbios y sus huéspedes, pero los mecanismos evolutivos y ecológicos que determinan esas asociaciones no se han descrito completamente. Las hormigas (Hymenoptera: Formicidae) son un modelo interesante para explorar las implicaciones ecológicas y evolutivas en la estabilidad del microbioma. Proponemos una comparación del metagenoma de las hormigas de una variedad de especies que difieren en sus estrategias tróficas, preferencias de anidación, hábitat y relación filogenética. Nuestra hipótesis es que filogenia del hospedero será el factor principal que determine la composición de la comunidad microbiana entre las especies de hormigas, y el gradiente ambiental será el factor principal a nivel poblacional. Se recolectaron hormigas de diferentes hábitats en México y las principales subfamilias. Se disecaron gásteres de las hormigas y se extrajo el ADN. La región V4 del ARNr de SSU 16S bacteriano se amplificó en un secuenciador Illumina MiSeq. Se amplificaron las secuencias de COI de hormigas de las mismas colonias. Recuperamos 74 especies de hormigas diferentes de 334 nidos en 46 hábitats diferentes en México. Reportamos un nuevo registro en México y 19 nuevos registros (basados en el estado) de 14 especies. Describimos el metagenoma de 243 colonias que representan 7 subfamilias de hormigas y las comparamos en diferentes niveles taxonómicos. Discutimos la importancia de la historia evolutiva y el ambiente de la hormiga como factores de estabilización del microbioma y analizamos el microbioma entre diferentes poblaciones de especies de los géneros Camponotus, Pogonomyrmex y Atta. Proponemos que la filogenia es el factor que estabiliza el microbioma de 5 de las 7 subfamilias. Discutimos las implicaciones de la alta abundancia de pocos sOTUs de Wolbachia entre nuestras muestras. 2020-12-01T00:00:00Z http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/1698 Title: Caracterización Bioquímica y Fisiológica de las Rutas de Reparación de Bases Desaminadas de Bacillus subtilis Authors: VICTOR MANUEL AYALA GARCIA Contributor: MARIO PEDRAZA REYES Abstract: Tres de las cuatro bases presentes en el ADN contienen grupos amino exocíclicos propensos a perderse en el ambiente metabólico celular o de manera inducida, lo cual genera las bases análogas uracilo, hipoxantina y xantina, que posteriormente pueden dar lugar a la formación de sitios abásicos. Todas estas lesiones tienen propiedades de apareamiento que son diferentes a las de las bases originales, llegando a generar mutaciones potencialmente letales para las células. Diferentes vías de reparación están implicadas en contrarrestar los efectos del daño al material genético permitiendo la supervivencia y proliferación celular. Mediante enfoques genéticos, bioquímicos y moleculares, en este trabajo se estudió la participación de distintas enzimas capaces de remover bases desaminadas y sitios abásicos del genoma de la bacteria esporulante Bacillus subtilis. Aquí se encontró que YwqL, una enzima de la familia Endonucleasa V, es capaz de remover in vitro todas las bases desaminadas probadas, así como los sitios abásicos, denotando diferencias importantes en el procesamiento de cada lesión y en los cofactores utilizados para su actividad. Un análisis epistático sugirió que ExoA y/o el sistema de reparación por escisión de nucleótidos (NER) tienen el potencial para terminar la reparación iniciada por YwqL. Por otra parte, se determinó que la actividad de Aag, una ADN-glicosilasa implicada en reconocer hipoxantina y bases alquiladas, es sumamente importante para proteger el material genético de las esporas en formación durante el proceso de esporulación. En resumen, tanto la endonucleasa V, YwqL como las ADN-glicosilasas Ung y Aag son cruciales en la protección del material genético de esta bacteria durante su crecimiento activo y durante la diferenciación a esporas. 2017-02-01T00:00:00Z http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/1697 Title: Caracterización de genes de Trichoderma spp diferencialmente expresados durante la interacción con planta y su participación en la respuesta de defensa vegetal Authors: CLAUDIA ADRIANA RAMIREZ VALDESPINO Contributor: VIANEY GRACIELA OLMEDO MONFIL Abstract: Entre los microorganismos que habitan el suelo se encuentran especies del género Trichoderma, que son hongos filamentosos usados como biocontroladores por su actividad micoparasítica. Se ha reportado que tienen la capacidad de modular el sistema de defensa de diversas plantas, posiblemente a través de proteínas tipo efector, capaces de alterar la estructura y función celular del hospedero, facilitando la interacción. A partir del secretoma de Trichoderma, mediante el uso de herramientas bioinformáticas, se seleccionaron 21 genes que codifican para posibles efectores. Se encontró que cuatro de éstos presentan una expresión diferencial en interacción con la planta Arabidopsis thaliana. Dentro de los candidatos a efectores seleccionados, se encuentran los productos de los genes TaL6, TaCFEM5 y TvCyt2. Bajo nuestras condiciones TaL6 y TaCFEM5 mostraron un máximo de expresión a los siete días de interacción con la planta, mientras TvCyt2 mostró una disminución en su expresión. Además, respondieron a diferentes moléculas como celulosa y quitina. Se generaron mutantes nulas y sobreexpresantes de estos genes, para conocer más acerca de su participación durante las asociaciones que establece Trichoderma, y los resultados sugieren la participación de estas proteínas en la modulación de la respuesta de la planta durante la interacción. Además de observar que estos candidatos son importantes para que Trichoderma pueda controlar al fitopatógeno Rhizoctonia solani, sugiriendo que los productos de los genes estudiados participan activamente en las asociaciones que Trichoderma establece con planta y con otros hongos. 2017-11-01T00:00:00Z http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/1696 Title: Caracterización funcional de los genes KTR4, KTR5 y KTR7 de Saccharomyces cerevisiae Authors: NAHUM VALENTE X HERNANDEZ Contributor: HECTOR MANUEL MORA MONTES Abstract: La glicosilación de proteínas es una modificación postraduccional que empieza en el lumen del retículo endoplásmico y continua en el aparato de Golgi, y es una de las rutas biosintéticas mayormente explorada en la levadura Saccharomyces cerevisiae. En este hongo se han caracterizado a las enzimas involucradas en la elaboración de las O-glicanas y la mayoría de las enzimas participantes en la síntesis de las N-glicanas. Dentro de estas enzimas, llamadas glicosiltransferasas, se encuentra la familia de manosiltransferasas KRE2/MNT1, compuesta de nueve miembros, de los cuales, la mayoría han sido estudiadas y se ha establecido su participación en la elaboración de N y O-glicanas. Nuestro grupo está interesado en estudiar tres genes de esta familia: ScKTR4, ScKTR5 y ScKTR7 que hasta la fecha no han sido caracterizados. La estrategia experimental que se siguió fue la clonación de los genes ScKTR4, ScKTR5 y ScKTR7 en la bacteria E. coli, y posteriormente la complementación genética de tres diferentes mutantes de C. albicans deficientes en los procesos de N y O-glicosilación. Una vez obtenidas y verificadas las mutantes por ensayos de PCR, se demostró la funcionalidad de los genes de S. cerevisiae en C. albicans mediante ensayos de unión al colorante catiónico azul Alciano, la susceptibilidad a agentes perturbadores de la pared celular, la migración electroforética de la glicoproteína N-acetilhexosaminidasa y el análisis de las O-glicanas por electroforesis de carbohidratos acopladas a un fluoróforo. Con los datos obtenidos de todos estos experimentos demostramos la funcionalidad in vivo de los genes ScKTR4, ScKTR5 y ScKTR7, en donde ScKTR4, ScKTR5 y ScKTR7 están involucrados en N-glicosilación y parecen tener una participación parcial en O-glicosilación. 2018-06-01T00:00:00Z