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http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/4490
Full metadata record
DC Field | Value | Language |
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dc.rights.license | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0 | es_MX |
dc.contributor | JUVENCIO ROBLES GARCIA | es_MX |
dc.creator | Dulce Carolina Ruíz Ramírez | es_MX |
dc.date.accessioned | 2021-04-01T21:26:48Z | - |
dc.date.available | 2021-04-01T21:26:48Z | - |
dc.date.issued | 2020-09 | - |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/4490 | - |
dc.description.abstract | La enfermedad renal (ER) es un problema global de la salud que afecta aproximadamente 750 millones de personas. La ER es el resultado de ciertas patologías y factores de exposición ambientales, como el plomo, y fármacos que afectan de forma crónica e irreversible al tejido renal, como la gentamicina. El plomo es un metal pesado que se enlaza a sitios de unión de las proteínas, alterando su actividad biológica. La gentamicina es un antibiótico eficaz ante infecciones severas. Sin embargo, su uso está restringido ya que provoca nefrotoxicidad. Se conoce que el daño causado por la gentamicina es debido a la acumulación de este antibiótico en las células tubulares proximales, sobre el receptor megalina, que es responsable de su absorción y eliminación. Cuando la ER aguda no es detectada en una etapa temprana, puede desarrollarse a una etapa crónica. Por esta razón se buscan biomarcadores, que puedan predecir y diagnosticar la ER en una etapa temprana, identificar la ubicación, tipo y etiología de la lesión. La Molécula de Lesión Renal (KIM-1) es un biomarcador urinario no invasivo y sensible para la evaluación del daño renal. Esta proteína transmembranal está involucrada en la activación de la vía de las Proteínas Cinasas Activadas por Mitógenos (MAPK). En los últimos años se ha demostrado que las proteínas de la vía MAPK están involucradas en el mecanismo de nefrotoxicidad causada por la gentamicina. Por esta razón, es importante conocer las propiedades fisicoquímicas, electrónicas y estructurales de la gentamicina, lo que se logra con técnicas téoricas-computacionales en donde se obtienen los descriptores de la reactividad y las propiedades farmacocinéticas calculadas como la Absorción, Distribución, Metabolismo, Eliminación y Toxicidad (ADMET). Estas propiedades nos permitirán entender la interacción de la gentamicina con su receptor biológico, que es la megalina, de la cual aún no se ha determinado su estructura tridimensional debido al gran tamaño que presenta (600 kDa) y su complejidad estructural. En este trabajo se buscó correlacionar KIM-1 con las alteraciones patológicas renales por medio de la técnica de ELISA y la activación de proteínas involucradas en la vía MAPK como p-ERK ½ y otras proteínas como p21, TRPV5 y DMT1 a través de western blot. Lo anterior en respuesta a la intoxicación por plomo y gentamicina a diferentes dosis y tiempos en un modelo murino. La acumulación de gentamicina en las células renales es uno de los mecanismos de nefrotoxicidad. Esta acumulación se debe a la presencia de proteínas receptoras que permiten la entrada de gentamicina. Se sabe que este antibiótico se une a una proteína llamada megalina localizado en las células proximales del riñón. En este trabajo, se analizó las interacciones y modo de unión de la gentamicina a esta proteína, por medio de los programas Spartan18, Gaussian09, I-TASSER, AutoDock y ProSaI. Además, se estudió mediante métodos de la química teórica y computacional las propiedades electrónicas, estructurales y fisicoquímicas, empleando Teoría de Funcionales de la Densidad (DFT) al nivel de teoría M06-2X en fase gas y fase solvente (agua) con el modelo de solvatación SMD. Y la determinación de las propiedades ADMET de la gentamicina, a través del programa PreADMET. Nuestros datos muestran que los niveles de KIM-1 siempre se correlacionan con la expresión de p-ERK ½ citoplasmática en riñón. Con esto se podría decir que la activación de KIM-1 y la expresión de p-ERK ½ comparten un mecanismo molecular común en la progresión del daño renal causado por el plomo y la gentamicina. La gentamicina tiene la capacidad de atravesar la barrera hematoencefalica y, además, propiedades mutagénicas. Otra propiedad determinada de la gentamicina fue la fuerte interacción con estructuras de proteínas semejantes a un canal, presentes en la megalina, esto es causado por una gran eficiencia de ligando y una elevada constante de inhibición. Sugiriendo ser la vía de entrada de la gentamicina a las células renales proximales. | es_MX |
dc.language.iso | spa | es_MX |
dc.publisher | Universidad de Guanajuato | es_MX |
dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | es_MX |
dc.title | Estudio experimental y teórico-computacional de biomarcadores de daño renal temprano causado por plomo y gentamicina y determinación de posibles mecanismos de acción sobre sus receptores celulares | es_MX |
dc.type | info:eu-repo/semantics/masterThesis | es_MX |
dc.subject.cti | info:eu-repo/classification/cti/2 | es_MX |
dc.subject.cti | info:eu-repo/classification/cti/23 | es_MX |
dc.subject.cti | info:eu-repo/classification/cti/2390 | es_MX |
dc.subject.keywords | Gentamicina – Determinación química | es_MX |
dc.subject.keywords | Plomo – Determinación Química | es_MX |
dc.subject.keywords | Nefrotoxicidad | es_MX |
dc.subject.keywords | Análisis computacional | es_MX |
dc.subject.keywords | Propiedades ADMET (Absorción - Distribución - Metabolismo - Excreción - Toxicidad) | es_MX |
dc.subject.keywords | PreADMET 2.0 (Programa de Computadora) | es_MX |
dc.subject.keywords | Daño renal | es_MX |
dc.subject.keywords | Gentamicin - Chemical Determination | en |
dc.subject.keywords | Lead - Chemical Determination | en |
dc.subject.keywords | Nephrotoxicity | en |
dc.subject.keywords | Computational analysis | en |
dc.subject.keywords | ADMET properties (Absorption – Distribution – Metabolism – Excretion – Toxicity) | en |
dc.subject.keywords | PreADMET 2.0 (Software) | en |
dc.subject.keywords | Kidney damage | en |
dc.subject.keywords | Riñón - Enfermedades - Estudios Químicos | es_MX |
dc.subject.keywords | Kidney - Diseases - Chemical Studies | en |
dc.contributor.id | info:eu-repo/dai/mx/cvu/5350 | es_MX |
dc.contributor.role | director | es_MX |
dc.type.version | info:eu-repo/semantics/publishedVersion | es_MX |
dc.contributor.one | MINERVA MARTINEZ ALFARO | es_MX |
dc.contributor.idone | info:eu-repo/dai/mx/cvu/121879 | es_MX |
dc.contributor.roleone | director | es_MX |
dc.description.abstractEnglish | Kidney disease (KD) is a global health problem that affects approximately 750 million people. KD is the result of certain environmental pathologies and exposure factors, such as lead and drugs that chronically and irreversibly affect kidney tissue, such as gentamicin. Lead is a heavy metal that binds to protein binding sites, altering their biological activity. Gentamicin is an effective antibiotic for severe infections. However, its use is restricted as it causes nephrotoxicity. It is known that the damage caused by gentamicin is due to the accumulation of this antibiotic in proximal tubular cells, due to the megalin receptor, which is responsible for its absorption and elimination. When acute KD is not detected at an early stage, it can turn to a chronic stage. For this reason, biomarkers are sought, which can predict and diagnose KD at an early stage, identify the location, type, and etiology of the lesion. The Kidney Injury Molecule (KIM-1) is a noninvasive and sensitive urinary biomarker for the assessment of kidney damage. This transmembrane protein is involved in the activation of the Mitogen-Activated Kinase Proteins (MAPK) pathway. In recent years it has been shown that the proteins of the MAPK pathway are involved in the mechanism of nephrotoxicity caused by gentamicin. For this reason, it is important to determine the physicochemical, electronic, and structural properties of gentamicin that is achieved with theoretical-computational techniques where descriptors of reactivity and pharmacokinetic properties such as Absorption, Distribution, Metabolism, Elimination, and Toxicity (ADMET) are computed. These properties will allow us to understand the interaction of gentamicin with its biological receptor, which is megalin, whose three-dimensional structure has not yet been determined due to the very large size it presents (600 kDa) and its structural complexity. In this work, it was sought to correlate KIM-1 with renal pathological alterations through the ELISA technique and the activation of proteins involved in the MAPK pathway such as p-ERK ½ and other proteins such as p21, TRPV5, and DMT1 through western blot. This as a consequence of lead and gentamicin poisoning at different doses and times in a murine model. The accumulation of gentamicin in renal cells is one of the mechanisms of nephrotoxicity. This accumulation is due to the presence of receptor proteins that allow the entry of gentamicin. This antibiotic is known to bind to a protein called megalin located in the proximal cells of the kidney. In this thesis, we will analyze the interactions and the binding mode of gentamicin to this protein, through the employment of the Spartan18, Gaussian09, I-TASSER, AutoDock, and ProSaI programs. Besides, in this study, we assessed by methods of theoretical and computational chemistry, the electronic, structure, and physicochemical properties, using Density Functional Theory (DFT) at the M06-2X level of theory in the gas phase and solvent phase (water) with the SMD solvation model. Also, we determined the ADMET properties of gentamicin, through the PreADMET program. Our data show that KIM-1 levels are always correlated with the expression of cytoplasmic p-ERK ½ in the kidney. This could mean that the activation of KIM-1 and the expression of p-ERK ½ share a common molecular mechanism in the progression of kidney damage caused by lead and gentamicin. Gentamicin can cross the blood-brain barrier and also show mutagenic properties. Another determined property of gentamicin found was a strong interaction with channel-like protein structures present in megalin, this as the result of high ligand efficiency and a high inhibition constant. Suggesting that megalin is the entrance pathway of gentamicin into proximal renal cells. | en |
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