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http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/3419Full metadata record
| DC Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.rights.license | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0 | es_MX |
| dc.creator | Felipe de Jesús Cerratos Hernández | es_MX |
| dc.date.accessioned | 2020-11-19T20:12:57Z | - |
| dc.date.available | 2020-11-19T20:12:57Z | - |
| dc.date.issued | 2017 | - |
| dc.identifier.uri | http://repositorio.ugto.mx/handle/20.500.12059/3419 | es_MX |
| dc.description.abstract | La biorremediación de hidrocarburos representa actualmente un reto biotecnológico por la lentitud con el que este contaminante es eliminado del sitio de impacto, actualmente, se han reportado varios géneros bacterianos capaces de degradar hidrocarburos aromáticos. En este trabajo realizamos un análisis bioinformático para el diseño de oligonucleótidos degenerados, cuyo blanco son los genes de degradación de naftaleno. Se construyó una base de datos con los genes reportados en GeneBanky Kegg, para cada una de las etapas de la ruta (nahAc, nahad, nahB, nahD, nahF), se seleccionaron al menos 5 géneros bacterianos por cada gene, estas secuencias fueron alineadas, y a partir del consenso se diseñaron los oligonucleótidos, considerando una longitud promedio de 20 nt y 5 bases degeneradas. Estos oligonucleótidos fueron probados en diversos aislados bacterianos que degradan hidrocarburos identificadas como Pseudomonas aeruginosa, Providencia sp, Providencia rettgeri y Enterobacter sp. En los resultados de los PCR ́s que se realizaron no se obtuvo amplificación de los genes, lo que demuestra que las cepas llevan a cabo una degradación por medio de la activación de otras enzimas, lo que sugiere el diseño de más oligonucleótidos que involucren más géneros bacterianos | es_MX |
| dc.language.iso | spa | es_MX |
| dc.publisher | Universidad de Guanajuato | es_MX |
| dc.relation | http://www.jovenesenlaciencia.ugto.mx/index.php/jovenesenlaciencia/article/view/883 | es_MX |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | es_MX |
| dc.source | Jóvenes en la Ciencia: Jóvenes Investigadores Vol. 3, No.1 (2017) | es_MX |
| dc.title | Identificación de la ruta de degradación de hidrocarburos aromáticos por medio de iniciadores degenerados en microorganismos. | es_MX |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/article | es_MX |
| dc.subject.cti | info:eu-repo/classification/cti/6 | es_MX |
| dc.subject.keywords | Bioinformática | es_MX |
| dc.subject.keywords | Oligonucleótidos degenerados | es_MX |
| dc.subject.keywords | Degradadores de hidrocarburos aromáticos | es_MX |
| dc.type.version | info:eu-repo/semantics/publishedVersion | es_MX |
| dc.creator.two | CESAR ALVAREZ MEJIA | es_MX |
| dc.creator.three | VARINIA LOPEZ RAMIREZ | es_MX |
| dc.creator.four | Martha Isela Gutiérrez Amézquita | es_MX |
| dc.creator.idtwo | info:eu-repo/dai/mx/cvu/83680 | es_MX |
| dc.creator.idthree | info:eu-repo/dai/mx/cvu/39343 | es_MX |
| dc.description.abstractEnglish | Hydrocarbon remediation is currentlya biotechnological challenge, because the slow rate of degradation by mycroorganism, affeting the place where it`s was present, over the time. But In this work we design a bioinformatic approach to identify a general aromatic hydrocarbons pathway ́s degradation, designing and modelling degenerate oligonucleotide, whose target is the degradation genes of naphthalene catabolic pathway. We use the genes previously reported in public GenBank and Kegg databases, for each gene of the route (nahAc, nahad, nahB, nahD, nahF), were selected at least 5 different bacterial genera.These sequences were aligned, and We use the consensus sequence for degenerate oligonucleotides design, considering an average length of 20 nt and 5 degenerate bases. These oligonucleotides were tested in differents bacterial isolates, whose degrades hydrocarbons, prevously identified as Pseudomonasaeruginosa, Providenciasp, and Enterobactersp Providenciarettgeri. For these strains there were not an amplified PCR product suggesting thats these iasolated has not the genes for naphtalene degradation pathway, It suggests anothere genes involved in the aromatic degradation pathway insteda of naphtalene genes tested here. | - |
| Appears in Collections: | Revista Jóvenes en la Ciencia | |
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| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Identificación de la ruta de degradación de hidrocarburos aromáticos por medio de iniciadores degenerados en microorganismos..pdf | 289.65 kB | Adobe PDF | View/Open |
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