Identificación de la ruta de degradación de hidrocarburos aromáticos por medio de iniciadores degenerados en microorganismos.

Abstract

La biorremediación de hidrocarburos representa actualmente un reto biotecnológico por la lentitud con el que este contaminante es eliminado del sitio de impacto, actualmente, se han reportado varios géneros bacterianos capaces de degradar hidrocarburos aromáticos. En este trabajo realizamos un análisis bioinformático para el diseño de oligonucleótidos degenerados, cuyo blanco son los genes de degradación de naftaleno. Se construyó una base de datos con los genes reportados en GeneBanky Kegg, para cada una de las etapas de la ruta (nahAc, nahad, nahB, nahD, nahF), se seleccionaron al menos 5 géneros bacterianos por cada gene, estas secuencias fueron alineadas, y a partir del consenso se diseñaron los oligonucleótidos, considerando una longitud promedio de 20 nt y 5 bases degeneradas. Estos oligonucleótidos fueron probados en diversos aislados bacterianos que degradan hidrocarburos identificadas como Pseudomonas aeruginosa, Providencia sp, Providencia rettgeri y Enterobacter sp. En los resultados de los PCR ́s que se realizaron no se obtuvo amplificación de los genes, lo que demuestra que las cepas llevan a cabo una degradación por medio de la activación de otras enzimas, lo que sugiere el diseño de más oligonucleótidos que involucren más géneros bacterianos